战舰系统是无尽的拉格朗日中核心的玩法模块，玩家需要通过完成基础教学任务才能解锁该功能。游戏初期会引导玩家接触资源采集、基地建设等基础操作，在完成特定主线任务后，系统将自动解锁战舰蓝图研究功能，玩家可进入战舰生产阶段。需战舰类型分为工程舰和战斗舰两大类，前者负责资源采集与建造，后者用于作战，两者需通过独立的生产线分别制造。
获取战舰蓝图主要通过商城购买技术档案进行研究，这一过程类似于卡牌游戏的抽卡机制。技术档案中可能包含舰船蓝图、武器技术模块或技术储备等内容，其中蓝图是制造战舰的必要条件。若重复获得已拥有的蓝图，可选择用于研究子型号、增加技术值或转化为技术储备。技术储备积攒至15点后可兑换必出蓝图的档案，这是游戏为玩家设计的保底机制。研究过程中，不同类型的战舰出货概率存在差异，高阶战舰如航母的获取难度显著高于护卫舰。
战舰生产需要在基地船坞中完成，玩家需提前规划好生产线资源分配。工程舰建议优先制造大型型号以提高采集效率，战斗舰则需根据当前战略需求选择搭配。轻型护卫舰和驱逐舰适合前期探索与小规模冲突，而重型巡洋舰和战列舰则用于中后期大规模战役。每艘战舰均可通过技术值强化技能，技术值可通过蓝图研究或战斗经验获取，加点策略需结合战舰定位调整，例如前排单位优先提升护甲，后排侧重输出强化。
战舰部署时需要合理配置舰队编队，不同类型的战舰在战场中承担不同角色。突击舰适合前排压制，轰炸舰应布置在中后排输出，防御舰需保护关键单位，支援舰则根据技能效果选择覆盖范围最大的站位。编队指挥值存在上限，但可通过增援功能临时突破限制。实际战斗中还需注意计划圈的合理运用，提前派遣高速侦察舰建立计划圈能显著提升主力舰队调动效率。采矿平台等设施可减少计划圈占用，同时为特定矿区提供采集加成。
