大掌门2的关卡系统分为多个章节，每个章节包含若干小关卡，玩家需要通过不断挑战这些关卡来推进游戏进度。游戏初期的主线关卡数量相对较少，但等级提升，后续章节的关卡数量会逐步增加。具体通关数量取决于玩家的培养策略和阵容强度，通常需要完成数十个章节才能解锁全部核心玩法。
关卡挑战不仅需要合理的阵容搭配，还需注重资源分配。主线关卡是获取经验、装备碎片和弟子魂魄的主要途径，因此优先推进主线进度至关重要。每通过一定数量的关卡会解锁新功能或玩法，例如血战、论剑等，这些玩法又能为玩家提供额外的资源支持。
游戏中的关卡分为普通、精英和Boss三种类型，每种类型的挑战次数和奖励各不相同。普通关卡每日可挑战99次，精英关卡10次，Boss关卡5次，失败不消耗体力。三星通关能获得额外奖励，因此建议在战力足够时优先追求满星评价。关卡进度也会影响先手值等战斗属性，进一步影响后续挑战的难度。
后期关卡对玩家的综合实力要求较高，包括弟子培养、装备强化、武功搭配等方面。若遇到卡关情况，可通过扫荡已通关关卡积累资源，或调整阵容策略来突破瓶颈。血战、江湖游历等玩法也能提供额外资源，辅助玩家提升战力以应对更高难度的挑战。
大掌门2的关卡设计注重循序渐进，玩家需通过合理规划资源与阵容，逐步解锁全部内容。关卡数量虽多，但核心目标仍是围绕弟子培养与阵容优化展开，而非单纯追求通关速度。
