通关口袋妖怪火红二周目的关键在于组建一支属性均衡、技能覆盖面广的队伍。妙蛙花作为草/毒双属性精灵，凭借超级吸收和毒粉技能，能有效应对水、岩石和地面系对手，同时具备稳定的控场能力。水箭龟的高防御与特攻使其成为可靠的盾牌，搭配破坏光束等强力技能可处理多种威胁。喷火龙的火/飞行属性组合在对抗草、虫、冰系时优势明显，火焰喷射与飞行技能的组合能快速清场。
特攻型精灵在二周目中表现突出，例如海皇牙的水/龙属性搭配冰冻光束或水泵枪，能覆盖更广泛的克制关系。电击兽凭借高速与电磁波干扰，可先手压制对手并创造输出机会。胡地的顶级特攻与自我恢复能力，使其成为持久战的核心。狩猎鹰王通过飞行系技能与看穿提升命中率，在关键对战中发挥稳定作用。这类精灵需注意属性克制，避免被地面或岩石系反制。
防御型阵容适合应对高难度首领战，班基拉斯的钢/岩属性提供极高的抗性，配合恢复技能可长期站场。拉普拉斯的水/冰属性兼具防御与控场，冰冻光束能限制对手行动。铁甲贝的钢属性防御配合反击战术，可针对物理攻击型敌人。这类精灵需搭配回复道具，确保在消耗战中维持状态。
神兽与隐藏精灵是通关的另一种选择。超梦在70级时拥有压倒性的特攻与速度，但需提前准备抗性药剂应对捕捉战。三圣鸟中的闪电鸟与火焰鸟分别提供电系与火系的高爆发，适合快速解决特定首领。获取这些精灵需完成七岛任务链，包括红蓝宝石的收集与火箭队仓库的探索。
队伍构建需注意技能互补与道具分配。碎岩、攀瀑等秘传技能需分配给工具精灵，避免占用主力技能栏。对战塔与训练师之塔是检验队伍强度的场所，反复挑战可优化战术。二周目后期需关注精灵亲密度，部分进化形态和技能需通过亲密度解锁。
